Né le 23 août 1938 de parents corses, sa mère institutrice et son père, d’abord instituteur, puis médecin généraliste, ont été reconnus « Justes parmi les nations » pour avoir caché des enfants juifs pendant la Seconde guerre mondiale.
Après l’obtention de son baccalauréat, Xavier Emmanuelli partage son temps entre la faculté de médecine, celle de la Sorbonne (section philosophie, qu’il abandonne bientôt) et ses passions, le dessin (il est très proche de la bande d’Hara Kiri), le jazz et le cinéma. Il obtient son diplôme de médecin en 1967.
Il réussit le diplôme de médecin de médecine marchande et s’engage à bord du Tahitien (messagerie maritime). Ensuite il est médecin généraliste du Bassin houiller lorrain des Mines de Freyming-Merlebach. A cette même époque, il fait partie de l’équipe fondatrice de Médecins Sans Frontières (MSF), avec une volonté de créer l’urgence internationale.
Médecin généraliste du Bassin houiller lorrain des Mines de Freyming-Merlebach, il participe au montage du service d’hémodialyse chronique à l’hôpital. A cette même époque, il fait partie de l’équipe fondatrice de Médecins Sans Frontières (MSF), avec cette même volonté de créer l’urgence internationale.
Parallèlement, de 1972 à 1975, au Centre Hospitalier Henri Mondor, il a été l’assistant du Professeur Pierre Huguenard pour la création et le développement du SAMU 94, un des premiers Service d’Aide Médicale d’Urgence. En tant qu’anesthésiste-réanimateur, cette expérience est particulièrement enrichissante dans la mesure où il considère le Professeur Huguenard comme son maître.
Nommé médecin chef des Maisons d’arrêt de Fleury Mérogis, en 1988, il se bat pour sortir la médecine de la prison et la rattacher à la Direction Départementale des Affaires Sanitaires et Sociales (DDASS). Découvrant les ravages du SIDA et de la toxicomanie, il décrit alors les éléments cliniques de l’exclusion et en particulier les codes fondamentaux: le corps, le temps, l’espace et la proxémie.
De 1992 à 1995, Xavier Emmanuelli est praticien hospitalier au Centre d’Accueil de Soins et d’Hébergement à l’hôpital de Nanterre. Il y décrit une nouvelle approche clinique de l’exclusion sociale, observée lors des consultations effectuées auprès des sans-abri. Il imagine alors, tout naturellement, un SAMU social à l’instar du SAMU médical, qu’il avait contribué à créer, afin de prendre en charge les personnes en situation d’exclusion. Son projet séduit Monsieur Jacques Chirac, alors Maire de Paris, qui l’aide à créer le Samusocial de Paris. Le projet démarre ainsi le 23 novembre 1993.